Dabiskie organiskie pigmenti ir iegūti no augu vai dzīvnieku ekstraktiem. Tās ir dažu labi zināmu krāsu oriģinālās versijas, taču tās ir mazāk izturīgas. Piemēram, iedegumu agrāk veidoja no mīkstmiešu tintes maisiņiem, un košenilu ieguva no košenilu kukaiņiem. Indijas dzeltenā, indigo un tumši zaļā krāsa sākotnēji tika iegūta no augiem, un īstā rožu malka tā arī paliek. Ziloņkaula melnais, kaulu melnais un vīnogulāju melnais ir izgatavots no oglēm, kas izgatavotas no pārogļota ziloņkaula, kaula un noteiktiem koka veidiem.
Pirms 1850. gadiem lielākā daļa organisko pigmentu bija dabiski, taču, attīstoties organiskajai ķīmijai, lielākā daļa ir aizstāti ar sintētiskiem organiskiem pigmentiem, no kuriem daži atdarina dabiskās organiskās vielas nokrāsas. Sintētisko pigmentu fizisko formu un nokrāsu ir vieglāk kontrolēt nekā dabisko pigmentu, un tie mēdz būt gaismas noturīgāki un piedāvā plašāku krāsu klāstu. Mūsdienu sintētiskie organiskie pigmenti ir spilgti, pastāvīgi ftalocianīni, hinakridoni un perilēns.
Krāsotie organiskie pigmenti ietver ftalocianīnu, alizarīna sārtumu, antrahinona sarkanu (gaismas noturīgāku alternatīvu alizarīnam), Prūsijas zilo, Hanzas dzelteno, Hukera zaļo, indigo, Peina pelēko, Perinona oranžo un hinakridonu (arī ir caurspīdīguma īpašības). Lai gan pigmenta daļiņu izmērs parasti ir samērā vienāds, joprojām ir dažas nogulumu organiskās vielas, piemēram, ultramarīna zils, ultramarīna violets un debeszils. Caurspīdīgie organiskie pigmenti ietver Rose Madder Genuine, Viridian un Quinacridones, kas veido skaistas glazūras.